События сериала разворачиваются сразу после начала атаки клонов. Теперь никто уже не говорит о том, нужно ли использовать клонов, которые были созданы на далекой планете Камино. Как и предсказывал Йода, война клонов только началась. Вернувшись с задания, в кабинете канцлера Палпатина, Энакин и его учитель Оби-Ван, вместе с Йодой ведут дискуссию об одной планете. На Мунилисте Оби-Ван заметил огромные мощности по производству боевых дроидов, что делает очевидным связь лидеров планеты с темным графом Дуку. Молодой ученик Оби-Вана Энакин становится действительно очень сильным учеником, сила которого растет с каждым днем. Однако, Энакину кажется, что его недооценивают. Более того, что его специально хотят поставить в унизительное положение. Но Оби объясняет юному падавану, что не доверяют не его способностям, совет джедаев не доверяет зрелости Энакина, полагая, что наделять столь юного ученика некоторыми функциями его учителя опасно, да и время не пришло.
Но ситуация заставляет изменить отношение к этому. Диалог с Палпатином, который мягко настаивает на том, чтобы Энакину дали возможность командовать своей небольшой командой клонов. Йоде и Оби-Вану приходится признать тот факт, что такая необходимость неизбежна. Теперь под командованием Энакина оказывается группа клонов, которая воюет под началом генерала Оби-Вана Кеноби. Мунилист, на которую отправляются учитель и его ученик с клонами, как и множество других планет, заключили союз с темным графом Дуку, который обещал им всем власть. Но на самом ли деле за всем этим стоит граф Дуку и его близкие прихвостни..