Действия аниме «Аллисон и Лилия» разворачиваются в мире, по технологическому развитию близкому к нашей Земле тридцатых годов двадцатого столетия. Единственный континент планеты разделен пополам цепью гор и полноводной рекой. По разные берега реки соседствуют Конфедерация Рокшеннон с Объединенном Королевством Су-Бэйл. Обе страны ожесточенно воюют друг с другом протяжении вот уже 130 лет; конфликт то затухает, то разгорается с новой силой. Причина проста и банальна – право первородства. Которая из стран является колыбелью человечества, и откуда произошел человек? И Су-Бэйл, и Рокшенон готовы отстаивать свою точку зрения с оружием в руках.
Аллисон – юный пилот ВВС Рокшенона, недавно окончившая военное училище и только-только начавшая осваиваться в армии, она мечтает стать пилотом боевого истребителя. Воспользовавшись командировкой, на своем самолете Аллис залетает в провинцию к своему другу детства Виллу, круглому отличнику и превосходному стрелку. Они часто переписываются, и Аллис давно и безнадежно влюблена в Вилла. Признаться ей никогда не хватало смелости, а Вилл о делах сердечных, кажется, не думает вообще.
На несчастье, или скорее на их общее счастье, во время визита Аллис, они оказываются втянуты в загадочную историю, которая может не только положить конец непрерывной войне, но и в корне изменить всю дальнейшую судьбу юной парочки...