События фантастического аниме "Эрго Прокси" разворачиваются в вымышленном будущем. Человечество давно исчерпало природные ресурсы земли. Воздухом стало невозможно дышать, а вода превратилась в отравленную субстанцию. Люди будущего нашли выход из этого положения. Были созданы специальные города, которые накрывал огромный купол. В них синтезировались все необходимые для жизнедеятельности человека вещества. Таких городов осталось мало, поэтому основной проблемой человечества стало перенаселение. В одном из подобных городов под названием Ромдо живут люди и киборги, которых называют авторейдами. Киборги предназначены для служения человеку, потому как сами люди уже не в состоянии поддерживать порядок на должном уровне. Плотность населения в городах очень велика, поэтому также велика возможность совершения преступления. До недавнего времени, в Ромдо царили относительные мир и спокойствие, но вскоре произошла череда загадочных убийств. За расследование берется одна из самых опытных детективов будущего Риэл Маер. Бюро Расследований поручило эту важную миссию ей, зная девушку как ответственного и профессионального полицейского. В ходе поимки неизвестного преступника, перед девушкой будут открываться загадочные факты и улики. Кто же стоит за всеми этими кровавыми преступлениями?