Сценарий переносит нас во временную линию, где машина времени всё-таки не была изобретена нашим гениальным учёным и главным героем прошлого повествования Ринтаро Окабэ. После долгих и неудачных попыток изменить прошлое так, чтобы все дорогие ему люди остались живы и счастливы, он пришёл к выводу, что всё это может быть достигнуто, только если не позволить самому себе в прошлом изобрести путешествия во времени. Окраину казалось, что он был единственным, кто сохранял свои воспоминания между переходами во времени. Но в этой ветви не только он чувствует ностальгию по жизни, которую он никогда не проживал.
Бывший сотрудник его лаборатории номер 004 Курису Макисе ощущает эффект дежавю. Ей кажется, что в этой жизни ей не хватает чего-то или кого-то очень важного. Понемногу к ней возвращаются воспоминания из той временной ветви, где она была вместе с Окарином, и они любили друг друга. Курису твёрдо решает всё исправить, для чего она снова создаёт машину времени, чтобы изменить прошлое и снова встретиться с возлюбленным. Но создание этой машины может повлечь за собой много неприятностей, которые так сильно хотел избежать Ринтаро. И теперь благополучию их знакомых грозит беда, и смогут ли они смириться с этим ради собственного счастья?