Действие аниме «Святой воин Цербер» происходит в мире меча и магии. Континент Кунаан, где могущественнее всех умелые мечники и искусные маги, с трудом уживаются три страны. Это королевства Амория, Ванродис и Ишильфен — три великие державы, каждой из которых такое тесное соседство не совсем по душе. На данный момент страны достигли взаимопонимания и с большим трудом сохраняют хрупкий мир, но стоит хоть на минуту расслабиться — и малейший конфликт в одной из них разрушит сохраняемый с таким трудом мир.
И время это, похоже, не за горами: могучий дракон Даганзорд, также живущий на Кунаане, вот-вот спровоцирует одну из стран. Все они противостоят злому дракону, который после своих налётов не оставляет ничего, кроме руин и пепелища. Попытка двоих волшебников обезвредить дракона и тем самым сохранять баланс сил проваливается, а их сын Хиджиро, чудом переживший трагедию, дает клятву однажды отомстить за родителей убийце. Позднее это событие стало известно как Трагедия Бальбагоа. Дождавшись своих шестнадцати лет, мальчишка, ставший мечником, отправляется за головой дракона. Хиджиро еще не подозревает, что путешествие, в которое он отправился ради мести, сведет его с настоящими друзьями и, возможно, подарит ему истинную цель в жизни.