Второй сезон начинается с побега восьми заключённых из тюрьмы «Фокс Ривер». После побега беглецы разделяются для реализации своих планов. Брэда Беллика увольняют из тюрьмы, где он работал главным надзирателем, после чего он решает подключиться к розыскам беглецов за обещанное за их поимку вознаграждение. Федеральный агент Александр Махоун возглавляет группу поимки беглецов, но впоследствии выясняется, что его завербовала «компания» для уничтожения всех сбежавших из тюрьмы.
Агент секретной службы Пол Келлерман работавший на «компанию» отстранён от дел, и решает в отместку присоединиться к сбежавшим братьям. Позднее он реабилитирует Сару Танкреди и Линкольна Барроуза. Братья смогли уплыть в Панаму, куда за ними отправился Махоун и Бэллик. Майкл подставляет Махоуна, но и сам попадается в руки Панамской полиции, после чего его самого, Махоуна, Бэллика и Багвела сажают в местную тюрьму именуемую — «Сона».